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RSS generated by JIRA (8.3.4#803005-sha1:1f96e09b3c60279a408a2ae47be3c745f571388b) at Sat Feb 10 15:30:34 JST 2024

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    <title>PFS-JIRA</title>
    <link>https://pfspipe.ipmu.jp/jira</link>
    <description>This file is an XML representation of an issue</description>
    <language>en-us</language>    <build-info>
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        <build-date>13-09-2019</build-date>
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<item>
            <title>[REDMINE1D-225] [RM-6497] Prior &apos;H-alpha if strong line&apos;</title>
                <link>https://pfspipe.ipmu.jp/jira/browse/REDMINE1D-225</link>
                <project id="11002" key="REDMINE1D">1D Redmine </project>
                    <description>&lt;p&gt;&lt;em&gt;&lt;font color=&quot;#505f79&quot;&gt; Created on 2021-05-13 08:17:48 by Vincent Le Brun. % Done: 0&lt;/font&gt;&lt;/em&gt;&lt;/p&gt;


&lt;p&gt;dans la simulation Euclid COSMOS-EL 40% des erreurs sont des mismatch&apos;s H-alpha-OII. Si on utilise le prior strong, on baisse la puret&#233; en for&#231;ant H-alpha plut&#244;t que les raies faibles des galaxies &#224; faible z (SIII, ArI, Paschen...&lt;img class=&quot;emoticon&quot; src=&quot;https://pfspipe.ipmu.jp/jira/images/icons/emoticons/wink.png&quot; height=&quot;16&quot; width=&quot;16&quot; align=&quot;absmiddle&quot; alt=&quot;&quot; border=&quot;0&quot;/&gt;, un moyen serait un prior qui favorise H-alpha si la solution utilise une seule raie strong (OII). Est ce que c&apos;est possible ?&lt;/p&gt;</description>
                <environment></environment>
        <key id="23638">REDMINE1D-225</key>
            <summary>[RM-6497] Prior &apos;H-alpha if strong line&apos;</summary>
                <type id="3" iconUrl="https://pfspipe.ipmu.jp/jira/secure/viewavatar?size=xsmall&amp;avatarId=10518&amp;avatarType=issuetype">Task</type>
                                            <priority id="10000" iconUrl="https://pfspipe.ipmu.jp/jira/images/icons/priorities/medium.svg">Normal</priority>
                        <status id="10002" iconUrl="https://pfspipe.ipmu.jp/jira/images/icons/statuses/generic.png" description="The issue is resolved, reviewed, and merged">Done</status>
                    <statusCategory id="3" key="done" colorName="green"/>
                                    <resolution id="10000">Done</resolution>
                                        <assignee username="r2j.migrate">Redmine-Jira Migtation</assignee>
                                    <reporter username="r2j.migrate">Redmine-Jira Migtation</reporter>
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                <created>Wed, 5 Jul 2023 06:36:33 +0000</created>
                <updated>Fri, 12 Jan 2024 18:46:03 +0000</updated>
                            <resolved>Fri, 12 Jan 2024 18:46:03 +0000</resolved>
                                                                        <due></due>
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                            <comment id="36640" author="r2j.migrate" created="Fri, 12 Jan 2024 18:45:18 +0000"  >&lt;p&gt;Comment by Didier Vibert on 2021-05-17 09:06:17:&lt;br/&gt;
note: j &apos;ai bascul&#233; cette issue dans le sous-projet euclid-dev&lt;/p&gt;

&lt;p&gt;je pense que c&apos;est possible. Pour r&#233;sumer, tu veux un prior du style: si dans un mod&#232;le &#224; un z donn&#233; il y a une raie strong autre que Halpha alors on p&#233;nalise cette solution. Si pas de raie strong du tout on ne change pas la vraisemblance.&lt;/p&gt;

&lt;p&gt;on peut essayer, mais j&apos;ai peur qu&apos;une partie du gain du prior strong disparaisse:  tu vas effectivement r&#233;cup&#233;rer les solutions bas z avec l&apos;identification SIII, etc. mais du coup tu vas aussi confondre des vrais Ha pour ces raies faibles ? =&amp;gt; &#224; tester.&lt;/p&gt;

&lt;p&gt;Il faudrait aussi tester avec d&apos;autres valeurs du prior strong. Aujourd&apos;hui on met 1e-3 comme param&#232;tre (qui est la valeur de la proba si pas de raie strong, 1.0 &#233;tant la valeur s raie strong, le tout &#233;tant normalis&#233; de telle sorte que l&apos;int&#233;grale de la proba sur le range z &#233;valu&#233; soit &#233;gale &#224; 1.0)&lt;/p&gt;

&lt;h2&gt;&lt;a name=&quot;R%C3%A9capdespriorsdispoaujourd%27hui%3A&quot;&gt;&lt;/a&gt;R&#233;cap des priors dispo aujourd&apos;hui:&lt;/h2&gt;

&lt;p&gt;tous ces priors peuvent se combiner entre eux (multiplication des proba, et normalisation de l&apos;int&#233;grale sur z du total &#224; 1.0)&lt;/p&gt;

&lt;p&gt;1. N(z) Pozetti, param&#232;tre @linemodelsolve.linemodel.euclidnhaemittersStrength@ gouverne la force du prior par rapport &#224; la vraisemblance (facteur multiplicatif du log du prior)&lt;/p&gt;

&lt;p&gt;2. strong lines, param&#232;tre @linemodelsolve.linemodel.stronglinesprior@, introduit une p&#233;nalisation de la vraisemblance si le mod&#232;le(z) n&apos;a pas de raies strong (absence dans l&apos;intervalle de longueur d&apos;onde observ&#233; ou mesur&#233;e &#224; z&#233;ro). Le prior pi(z) est &#233;gal &#224; 1.0 si on mesure une raie strong et est &#233;gal &#224; la valeur du param&#232;tre si pas de raies strong, l&apos;int&#233;grale de la proba est ensuite normalis&#233;e &#224; 1.0.&lt;/p&gt;

&lt;p&gt;3. Ha, param&#232;tre @linemodelsolve.linemodel.haprior@, introduit une p&#233;nalisation de la vraisemblance (idem au prior strong lines) si le mod&#232;le(z) n&apos;a pas la raie Ha&lt;/p&gt;

&lt;p&gt;4. &lt;del&gt;N lines above SNR (actuellement d&#233;sactiv&#233; dans le code), p&#233;nalise les solutions &#224; un z donn&#233; ayant moins de 2 raies strong pour lesquelles le SNR mesur&#233; est &amp;gt;3.5&lt;/del&gt;  &lt;/p&gt;

&lt;p&gt;En plus de ces priors P(z), il est possible dans le cas du linemodel template-ratio, et de template fitting, d&apos;appliquer des priors sur les autres param&#232;tres, par bin de z :&lt;/p&gt;
&lt;ul&gt;
	&lt;li&gt;template de continus: poids du template, amplitude du template, prior sur le coeff Ebmv, prior sur l&apos;igm (poids des 7 courbes d&apos;extinctions)&lt;/li&gt;
	&lt;li&gt;linemodel template-ratios: en plus des priors sur les template de continu, poids du template-ratio, amplitude du template-ratio, prior sur l&apos;igm (poids des 7 courbes d&apos;extinctions)&lt;/li&gt;
&lt;/ul&gt;
</comment>
                            <comment id="36641" author="r2j.migrate" created="Fri, 12 Jan 2024 18:45:27 +0000"  >&lt;p&gt;Comment by Vincent Le Brun on 2021-05-17 09:14:32:&lt;br/&gt;
Didier Vibert wrote in #note-1:&lt;br/&gt;
&amp;gt; note: j &apos;ai bascul&#233; cette issue dans le sous-projet euclid-dev&lt;br/&gt;
&amp;gt; &lt;br/&gt;
&amp;gt; je pense que c&apos;est possible. Pour r&#233;sumer, tu veux un prior du style: si dans un mod&#232;le &#224; un z donn&#233; il y a une raie strong autre que Halpha alors on p&#233;nalise cette solution. Si pas de raie strong du tout on ne change pas la vraisemblance.&lt;/p&gt;

&lt;p&gt;Plus exactement si dans un mod&#232;le il y a un raie strong autre que Ha, on privil&#233;gie Halpha (sinon se contenter de p&#233;naliser le mod&#232;le va effectivement faire sortir des mod&#232;les &#224; raie faible)&lt;br/&gt;
&amp;gt; &lt;br/&gt;
&amp;gt; on peut essayer, mais j&apos;ai peur qu&apos;une partie du gain du prior strong disparaisse:  tu vas effectivement r&#233;cup&#233;rer les solutions bas z avec l&apos;identification SIII, etc. mais du coup tu vas aussi confondre des vrais Ha pour ces raies faibles ? =&amp;gt; &#224; tester.&lt;br/&gt;
d&apos;ou ma suggestion au dessus&lt;br/&gt;
&amp;gt; &lt;br/&gt;
&amp;gt; Il faudrait aussi tester avec d&apos;autres valeurs du prior strong. Aujourd&apos;hui on met 1e-3 comme param&#232;tre (qui est la valeur de la proba si pas de raie strong, 1.0 &#233;tant la valeur s raie strong, le tout &#233;tant normalis&#233; de telle sorte que l&apos;int&#233;grale de la proba sur le range z &#233;valu&#233; soit &#233;gale &#224; 1.0)&lt;/p&gt;

&lt;p&gt;&amp;gt; &lt;br/&gt;
&amp;gt; h2. R&#233;cap des priors dispo aujourd&apos;hui:&lt;br/&gt;
&amp;gt; &lt;br/&gt;
&amp;gt; tous ces priors peuvent se combiner entre eux (multiplication des proba, et normalisation de l&apos;int&#233;grale sur z du total &#224; 1.0)&lt;br/&gt;
&amp;gt; &lt;br/&gt;
&amp;gt; 1. N(z) Pozetti, param&#232;tre @linemodelsolve.linemodel.euclidnhaemittersStrength@ gouverne la force du prior par rapport &#224; la vraisemblance (facteur multiplicatif du log du prior)&lt;br/&gt;
&amp;gt; &lt;br/&gt;
&amp;gt; 2. strong lines, param&#232;tre @linemodelsolve.linemodel.stronglinesprior@, introduit une p&#233;nalisation de la vraisemblance si le mod&#232;le(z) n&apos;a pas de raies strong (absence dans l&apos;intervalle de longueur d&apos;onde observ&#233; ou mesur&#233;e &#224; z&#233;ro). Le prior pi(z) est &#233;gal &#224; 1.0 si on mesure une raie strong et est &#233;gal &#224; la valeur du param&#232;tre si pas de raies strong, l&apos;int&#233;grale de la proba est ensuite normalis&#233;e &#224; 1.0.&lt;br/&gt;
&amp;gt; &lt;br/&gt;
&amp;gt; 3. Ha, param&#232;tre @linemodelsolve.linemodel.haprior@, introduit une p&#233;nalisation de la vraisemblance (idem au prior strong lines) si le mod&#232;le(z) n&apos;a pas la raie Ha&lt;br/&gt;
&amp;gt; &lt;br/&gt;
&amp;gt; 4. &lt;del&gt;N lines above SNR (actuellement d&#233;sactiv&#233; dans le code), p&#233;nalise les solutions &#224; un z donn&#233; ayant moins de 2 raies strong pour lesquelles le SNR mesur&#233; est &amp;gt;3.5&lt;/del&gt;  &lt;br/&gt;
&amp;gt; &lt;br/&gt;
&amp;gt; En plus de ces priors P(z), il est possible dans le cas du linemodel template-ratio, et de template fitting, d&apos;appliquer des priors sur les autres param&#232;tres, par bin de z :&lt;br/&gt;
&amp;gt; * template de continus: poids du template, amplitude du template, prior sur le coeff Ebmv, prior sur l&apos;igm (poids des 7 courbes d&apos;extinctions)&lt;br/&gt;
dans le cadre de VIPERS j&apos;avais relev&#233; que le poids du continu &#233;tait trop fort. est ce que le param&#232;tre est dispo dans les parameters.json actuels?&lt;br/&gt;
&amp;gt; * linemodel template-ratios: en plus des priors sur les template de continu, poids du template-ratio, amplitude du template-ratio, prior sur l&apos;igm (poids des 7 courbes d&apos;extinctions)&lt;/p&gt;
</comment>
                            <comment id="36642" author="r2j.migrate" created="Fri, 12 Jan 2024 18:45:32 +0000"  >&lt;p&gt;Comment by Didier Vibert on 2021-05-17 11:05:38:&lt;br/&gt;
Vincent Le Brun wrote in #note-2:&lt;br/&gt;
&amp;gt; Didier Vibert wrote in #note-1:&lt;br/&gt;
&amp;gt; &amp;gt; je pense que c&apos;est possible. Pour r&#233;sumer, tu veux un prior du style: si dans un mod&#232;le &#224; un z donn&#233; il y a une raie strong autre que Halpha alors on p&#233;nalise cette solution. Si pas de raie strong du tout on ne change pas la vraisemblance.&lt;br/&gt;
&amp;gt; &lt;br/&gt;
&amp;gt; Plus exactement si dans un mod&#232;le il y a une raie strong autre que Ha, on privil&#233;gie Halpha (sinon se contenter de p&#233;naliser le mod&#232;le va effectivement faire sortir des mod&#232;les &#224; raie faible)&lt;/p&gt;

&lt;p&gt;ce qu&apos;on &#233;crit, ce sont des p(z), donc on renforce &#224; certain z, en fonction d&apos;une ou pls conditions, et sym&#233;triquement on p&#233;nalise les z avec la condition inverse. Quand tu dis &quot;si dans un mod&#232;le il y a une raie strong autre que Ha, on privil&#233;gie Halpha &quot; tu parles de 2 z diff&#233;rents.  Je ne vois pas bien ce que tu entends par on privil&#233;gie Ha: tu privil&#233;gies un autre mod&#232;le (ie avec un z diff&#233;rent)&lt;/p&gt;

&lt;p&gt;Ce que tu veux, si je comprends bien, c&apos;est &#233;viter de p&#233;naliser les bas z sans raies strongs (pour laisser sa chance &#224; SIII etc.) =&amp;gt; on peut faire &#231;a, &lt;br/&gt;
&#231;a donnerait:&lt;/p&gt;

&lt;ul&gt;
	&lt;li&gt;z tq pas de raies strong observables ou observ&#233;e =&amp;gt; prior fort&lt;/li&gt;
	&lt;li&gt;z tq raie strong Ha =&amp;gt; prior fort&lt;/li&gt;
	&lt;li&gt;z tq raie strong autre que Ha =&amp;gt;  prior faible&lt;/li&gt;
&lt;/ul&gt;


&lt;p&gt;Mais, dans ce cas je maintiens que la pr&#233;sence d&apos;une raie dans le spectre risque de conduire &#224; des solutions raies faible (au moins pour une partie d&apos;entre eux) au d&#233;triment des solutions Ha. &#192; moins que dans le cas des raies faibles, on s&apos;attende &#224; avoir plusieurs raies faibles &#224; peu pr&#232;s de m&#234;me niveau ensemble ce qui &#233;vitera de les confondre avec Ha.&lt;/p&gt;

&lt;p&gt;rmq: au lieu de construire un prior &#224; 2 niveaux, on pourrait le faire &#224; 3 niveaux (ie ne pas donner le m&#234;me poids &#224; Ha et no-strong&lt;/p&gt;


&lt;p&gt;&amp;gt; &amp;gt; En plus de ces priors P(z), il est possible dans le cas du linemodel template-ratio, et de template fitting, d&apos;appliquer des priors sur les autres param&#232;tres, par bin de z :&lt;br/&gt;
&amp;gt; &amp;gt; * template de continus: poids du template, amplitude du template, prior sur le coeff Ebmv, prior sur l&apos;igm (poids des 7 courbes d&apos;extinctions)&lt;br/&gt;
&amp;gt; dans le cadre de VIPERS j&apos;avais relev&#233; que le poids du continu &#233;tait trop fort. est ce que le param&#232;tre est dispo dans les parameters.json actuels?&lt;/p&gt;

&lt;p&gt;Il s&apos;agit des poids relatifs des templates entre eux, et non pas du poid du template de continu par rapport au linemodel... Le param&#232;tre est disponible, il s&apos;agit du chemin d&apos;un r&#233;pertoire dans lequel doivent se trouver des fichiers contenant l&apos;ensemble des poids pour tous les param&#232;tres et tout les bins de z, dans un format sp&#233;cifique. &lt;/p&gt;

&lt;p&gt;Pour diminuer l&apos;impact du continu sur la vraissemblance, il faudrait plut&#244;t rentrer une connaissance du bruit et de l&apos;incertitude: le continu a un poids trop fort car le spectre contient des syst&#233;matiques basse fr&#233;quence, qui ne sont pas mod&#233;lis&#233;es.&lt;br/&gt;
Plusieurs options:&lt;/p&gt;
&lt;ul&gt;
	&lt;li&gt;on ne sait pas les mod&#233;liser: il faut les soustraire du spectre pour s&apos;en affranchir, quitte &#224; perdre de l&apos;info (=&amp;gt; c&apos;est ce qu&apos;on fait en soustrayant un continu par filtrage)&lt;/li&gt;
	&lt;li&gt;on sait les mod&#233;liser, et c&apos;est d&#233;terministe (non stochastique) et param&#233;tr&#233; et donc c&apos;est meilleur de les rajouter au mod&#232;le plut&#244;t que d&apos;essayer de les soustraire en pr&#233;-processing.&lt;/li&gt;
	&lt;li&gt;on sait les mod&#233;liser et c&apos;est stochastique: il faut rajouter cette infos dans la description du bruit.&lt;/li&gt;
&lt;/ul&gt;


&lt;p&gt;Typiquement, actuellement, le fait de donner une variance par pixel sans corr&#233;lation, contribue &#224; donner un poids fort &#224; la forme bf  du continu. Si on indique que le bruit poss&#232;de une composante bf, donc une corr&#233;lation pixel &#224; grande &#233;chelle, naturellement, le fit accordera moins d&apos;importance &#224; la forme &#224; grande &#233;chelle des templates de continu tout en conservant l&apos;ad&#233;quation &#224; ses features (raie en absorption, break, etc.)&lt;/p&gt;
</comment>
                            <comment id="36643" author="r2j.migrate" created="Fri, 12 Jan 2024 18:45:38 +0000"  >&lt;p&gt;Comment by Pierre-yves Chabaud on 2022-09-01 09:56:15:&lt;br/&gt;
Refaire le test sur les nouvelles donn&#233;es EL2020 en utilisant la 0.36&lt;/p&gt;</comment>
                            <comment id="36644" author="r2j.migrate" created="Fri, 12 Jan 2024 18:45:48 +0000"  >&lt;p&gt;Comment by Didier Vibert on 2024-01-12 16:53:12:&lt;br/&gt;
toujours d&apos;actualit&#233;, pour faire quoi exactement ? &lt;/p&gt;</comment>
                            <comment id="36645" author="r2j.migrate" created="Fri, 12 Jan 2024 18:45:57 +0000"  >&lt;p&gt;Comment by Vincent Le Brun on 2024-01-12 16:55:11:&lt;br/&gt;
je crois que les progr&#232;s sur la reliability on rendu ce truc obsol&#232;te, et en plus &#231;a rend les choses moins claires au final. On ferme et on verra &#224; l&apos;usage si on en a besoin&lt;/p&gt;</comment>
                    </comments>
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