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RSS generated by JIRA (8.3.4#803005-sha1:1f96e09b3c60279a408a2ae47be3c745f571388b) at Sat Feb 10 15:30:23 JST 2024

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    <title>PFS-JIRA</title>
    <link>https://pfspipe.ipmu.jp/jira</link>
    <description>This file is an XML representation of an issue</description>
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<item>
            <title>[REDMINE1D-208] [RM-7882] Pourquoi ?</title>
                <link>https://pfspipe.ipmu.jp/jira/browse/REDMINE1D-208</link>
                <project id="11002" key="REDMINE1D">1D Redmine </project>
                    <description>&lt;p&gt;&lt;em&gt;&lt;font color=&quot;#505f79&quot;&gt; Created on 2023-02-17 10:12:15 by Vincent Le Brun. % Done: 100&lt;/font&gt;&lt;/em&gt;&lt;/p&gt;


&lt;p&gt;J&apos;ai commenc&#233; &#224; travailler sur les spectres incidents EL-COSMOS (/net/CESAM/amazed/vlebrun/EL-COSMOS2020/IncidentSpectra/v3 pour les spectres) et en faisant les tests techniques sur les deux premiers (Id100000_F.fits et Id100001_F.fits) j&apos;ai un comportement &#233;trange :&lt;/p&gt;

&lt;p&gt;Le linemodel free(r&#233;pertoire test_LMfree2)  marche parfaitement (ce qui est bien le moins vu le niveau des raies) meme si le fit du continu n&apos;est pas bon et trouve les bons redshifts (0.0892 et 0.3467), et donne des mesures de flux correctes. &lt;/p&gt;

&lt;p&gt;Par contre en tplratio (r&#233;pertoires test_LMRatio* avec diverses valeurs de la vitesse en emission initiale, de la LSF, du half_window_size) il y a au moins un des deux spectres pour lequel la solution n&apos;est pas bonne, mais pas de loin. Ces spectres sont un peu particuliers dans le sens ou le continu est &#233;chantillonn&#233; &apos;&#224; la Euclid&apos; alors que les raies en &#233;mission sont bien &#233;chantillonn&#233;es, mais je ne comprend pas comment un mod&#232;le avec aucune des raies en &#233;mission peut mieux marcher qu&apos;un tplratio (meme imparfait) au bon redshift , vu que le redshift est presque bon le Khi2 d&#251; au continu ne doit pas varier &#233;norm&#233;ment, et celui d&#251; aux raies en &#233;mission ne peut qu&apos;&#234;tre meilleur ?&lt;br/&gt;
Toute id&#233;e est bienvenue...&lt;/p&gt;</description>
                <environment></environment>
        <key id="23621">REDMINE1D-208</key>
            <summary>[RM-7882] Pourquoi ?</summary>
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                        <status id="10002" iconUrl="https://pfspipe.ipmu.jp/jira/images/icons/statuses/generic.png" description="The issue is resolved, reviewed, and merged">Done</status>
                    <statusCategory id="3" key="done" colorName="green"/>
                                    <resolution id="10000">Done</resolution>
                                        <assignee username="r2j.migrate">Redmine-Jira Migtation</assignee>
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                <created>Wed, 5 Jul 2023 02:44:07 +0000</created>
                <updated>Mon, 27 Nov 2023 19:11:41 +0000</updated>
                            <resolved>Wed, 22 Nov 2023 18:55:24 +0000</resolved>
                                                                        <due></due>
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                                    <watches>1</watches>
                                                                <comments>
                            <comment id="36174" author="r2j.migrate" created="Mon, 27 Nov 2023 18:56:21 +0000"  >&lt;p&gt;Comment by Vincent Le Brun on 2023-03-08 11:56:03:&lt;br/&gt;
j&apos;ai fait tourner sur les 700000 spectres et il y a 20% d&apos;erreurs du meme style : raies en &#233;mission tr&#232;s fortes mais mismatch &#224; l&apos;arriv&#233;e&lt;br/&gt;
exemple dans /net/CESAM/amazed/vlebrun/EL-COSMOS2020/IncidentSpectra/outout_0.40_tplratio2&lt;br/&gt;
le spectre Id1000320 ou une raie est choisie pour HeI3190&lt;br/&gt;
&lt;span class=&quot;image-wrap&quot; style=&quot;&quot;&gt;&lt;img src=&quot;https://pfspipe.ipmu.jp/jira/secure/attachment/16875/16875_HeI.png&quot; style=&quot;border: 0px solid black&quot; /&gt;&lt;/span&gt;&lt;br/&gt;
alors que toutes les raies en &#233;mission sont pr&#233;sentes, et la deuxi&#232;me solution est proche de la bonne (sans doute grec au continu), mais les raies en &#233;mission ne sont pas utilis&#233;es...&lt;br/&gt;
&lt;span class=&quot;image-wrap&quot; style=&quot;&quot;&gt;&lt;img src=&quot;https://pfspipe.ipmu.jp/jira/secure/attachment/16876/16876_Sol1.png&quot; style=&quot;border: 0px solid black&quot; /&gt;&lt;/span&gt;&lt;br/&gt;
Ca voudrait dire que nos tplratio sont tellement loins de ce spectre que &#231;a fit mieux quand on ne prend aucune raie? je n&apos;arrive meme pas &#224; voir comment c&apos;est possible&lt;/p&gt;</comment>
                            <comment id="36175" author="r2j.migrate" created="Mon, 27 Nov 2023 18:56:38 +0000"  >&lt;p&gt;Comment by Didier Vibert on 2023-03-08 13:32:54:&lt;br/&gt;
je viens de regarder en direct sous vizu ce spectre, &lt;del&gt;ce qui est bizarre c&apos;est que le mod&#232;le n&apos;est pas disponible (pourtant il l&apos;est sur d&apos;autres spectres du m&#234;me run...) pb vizu&lt;/del&gt; ? &lt;/p&gt;

&lt;p&gt;Et sinon sans doute que le SNR (Fline/Fcontinuum) tr&#232;s &#233;lev&#233; des raiess contribue &#224; rendre le fit tr&#232;s sensible aux ratios ? &lt;/p&gt;</comment>
                            <comment id="36176" author="r2j.migrate" created="Mon, 27 Nov 2023 18:56:52 +0000"  >&lt;p&gt;Comment by Didier Vibert on 2023-03-08 13:54:59:&lt;br/&gt;
Didier Vibert wrote in #note-4:&lt;br/&gt;
&amp;gt; je viens de regarder en direct sous vizu ce spectre, ce qui est bizarre c&apos;est que le mod&#232;le n&apos;est pas disponible (pourtant il l&apos;est sur d&apos;autres spectres du m&#234;me run...) pb vizu ? &lt;br/&gt;
&amp;gt; &lt;br/&gt;
&amp;gt; Et sinon sans doute que le SNR (Fline/Fcontinuum) tr&#232;s &#233;lev&#233; des raiess contribue &#224; rendre le fit tr&#232;s sensible aux ratios ?&lt;/p&gt;



&lt;p&gt;Didier Vibert wrote in #note-4:&lt;br/&gt;
&amp;gt; je viens de regarder en direct sous vizu ce spectre, &lt;del&gt;ce qui est bizarre c&apos;est que le mod&#232;le n&apos;est pas disponible (pourtant il l&apos;est sur d&apos;autres spectres du m&#234;me run...) pb vizu&lt;/del&gt; ? &lt;br/&gt;
&amp;gt; &lt;br/&gt;
&amp;gt; Et sinon sans doute que le SNR (Fline/Fcontinuum) tr&#232;s &#233;lev&#233; des raiess contribue &#224; rendre le fit tr&#232;s sensible aux ratios ?&lt;/p&gt;

&lt;p&gt;y  a vraiment un probl&#232;me: les 2 raies les plus intenses du mod&#232;le au best z sont HeI_3190 = 2.92E-18 et MgII = 1.44E-18  donn&#233; par la table des flux or on ne voit pas cette derni&#232;re ni dans le mod&#232;le, ni dans le spectre... et pourtant on voit le double OIII dans le mod&#232;le, qui est donn&#233; avec un flux de 5.6E-20...&lt;/p&gt;</comment>
                            <comment id="36177" author="r2j.migrate" created="Mon, 27 Nov 2023 18:57:04 +0000"  >&lt;p&gt;Comment by Vincent Le Brun on 2023-03-08 16:52:07:&lt;br/&gt;
le SNR est arbitrairement de 50 par pixel, mais en &#233;crivant je r&#233;alise que les pixels n&apos;ont pas la meme taille dans le continu et dans les raies, et &#231;a doit &#234;tre &#231;a qui perturbe le fit. Et &#231;a peut peut-&#234;tre aussi expliquer les probl&#232;mes de flux, si une raie n&apos;est pas &#224; sa place elle peut se retrouver toute enti&#232;re dans un pixel et avoir une mesure de flux HS&lt;/p&gt;</comment>
                            <comment id="36178" author="r2j.migrate" created="Mon, 27 Nov 2023 18:57:15 +0000"  >&lt;p&gt;Comment by Vincent Le Brun on 2023-03-08 18:43:47:&lt;/p&gt;

&lt;p&gt;Cela dit il y a aussi des spectres qui ne posent pas de probleme et je ne vois pas vraiment la diff&#233;rence entre les deux&lt;br/&gt;
&lt;span class=&quot;image-wrap&quot; style=&quot;&quot;&gt;&lt;img src=&quot;https://pfspipe.ipmu.jp/jira/secure/attachment/16877/16877_Id1000323.png&quot; style=&quot;border: 0px solid black&quot; /&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt;</comment>
                            <comment id="36179" author="r2j.migrate" created="Mon, 27 Nov 2023 18:57:26 +0000"  >&lt;p&gt;Comment by Vincent Le Brun on 2023-03-08 19:01:16:&lt;br/&gt;
mais ce genre de fit reste quand meme compliqu&#233; &#224; expliquer&lt;br/&gt;
&lt;span class=&quot;image-wrap&quot; style=&quot;&quot;&gt;&lt;img src=&quot;https://pfspipe.ipmu.jp/jira/secure/attachment/16878/16878_Lyalpha.png&quot; style=&quot;border: 0px solid black&quot; /&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt;</comment>
                            <comment id="36180" author="r2j.migrate" created="Mon, 27 Nov 2023 18:57:36 +0000"  >&lt;p&gt;Comment by Vincent Le Brun on 2023-03-09 10:47:42:&lt;br/&gt;
le m&#234;me avec le templatefitting. Toujours pas &lt;br/&gt;
&lt;span class=&quot;image-wrap&quot; style=&quot;&quot;&gt;&lt;img src=&quot;https://pfspipe.ipmu.jp/jira/secure/attachment/16879/16879_Id1000039_TPL.png&quot; style=&quot;border: 0px solid black&quot; /&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt;

&lt;p&gt;et l&apos;autre (Id1000320), ou le templatefiting trouve la bonne solution, mais en 3eme&lt;br/&gt;
&lt;span class=&quot;image-wrap&quot; style=&quot;&quot;&gt;&lt;img src=&quot;https://pfspipe.ipmu.jp/jira/secure/attachment/16881/16881_Id1000320_Tpl_sol0.png&quot; style=&quot;border: 0px solid black&quot; /&gt;&lt;/span&gt; &lt;span class=&quot;image-wrap&quot; style=&quot;&quot;&gt;&lt;img src=&quot;https://pfspipe.ipmu.jp/jira/secure/attachment/16880/16880_Id1000320_Tpl_sol2.png&quot; style=&quot;border: 0px solid black&quot; /&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt;</comment>
                            <comment id="36181" author="r2j.migrate" created="Mon, 27 Nov 2023 18:57:47 +0000"  >&lt;p&gt;Comment by Vincent Le Brun on 2023-03-09 13:57:58:&lt;br/&gt;
le SNR n&apos;est pas le pb, avec SNR de 5 &lt;br/&gt;
&lt;span class=&quot;image-wrap&quot; style=&quot;&quot;&gt;&lt;img src=&quot;https://pfspipe.ipmu.jp/jira/secure/attachment/16882/16882_Id1000039_SNR5.png&quot; style=&quot;border: 0px solid black&quot; /&gt;&lt;/span&gt;&lt;br/&gt;
et pour l&apos;autre la bonne solution est meme pass&#233;e en 3 alors que la totalit&#233; du spectre est compatible avec le mod&#232;le (sauf dans les raies)&lt;br/&gt;
&lt;span class=&quot;image-wrap&quot; style=&quot;&quot;&gt;&lt;img src=&quot;https://pfspipe.ipmu.jp/jira/secure/attachment/16883/16883_Id1000320_SNR5_sol3.png&quot; style=&quot;border: 0px solid black&quot; /&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt;</comment>
                            <comment id="36182" author="r2j.migrate" created="Mon, 27 Nov 2023 18:58:04 +0000"  >&lt;p&gt;Comment by Mira Sarkis on 2023-03-23 14:29:17:&lt;br/&gt;
En &#233;chantillonant le spectre Id1000039 avec une r&#233;solution constante = 13, on retrouve bien la bonne solution avec linemodel: &lt;span class=&quot;image-wrap&quot; style=&quot;&quot;&gt;&lt;img src=&quot;https://pfspipe.ipmu.jp/jira/secure/attachment/16884/16884_Id1000039_linemodelSolve_Res13.png&quot; style=&quot;border: 0px solid black&quot; /&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt;

&lt;p&gt;Ceci n&apos;est toujours pas le cas avec TemplateFitting&lt;/p&gt;</comment>
                            <comment id="36183" author="r2j.migrate" created="Mon, 27 Nov 2023 18:58:16 +0000"  >&lt;p&gt;Comment by Didier Vibert on 2023-03-23 14:39:56:&lt;br/&gt;
Mira Sarkis wrote in #note-12:&lt;br/&gt;
&amp;gt; En &#233;chantillonant le spectre Id1000039 avec une r&#233;solution constante = 13, on retrouve bien la bonne solution avec linemodel:&lt;br/&gt;
&amp;gt; &lt;br/&gt;
le continu est quand m&#234;me tr&#232;s &#233;tonnant...&lt;/p&gt;

&lt;p&gt;&amp;gt; Ceci n&apos;est toujours pas le cas avec TemplateFitting&lt;/p&gt;
</comment>
                            <comment id="36184" author="r2j.migrate" created="Mon, 27 Nov 2023 18:58:35 +0000"  >&lt;p&gt;Comment by Mira Sarkis on 2023-03-23 15:13:15:&lt;br/&gt;
Didier Vibert wrote in #note-13:&lt;br/&gt;
&amp;gt; Mira Sarkis wrote in #note-12:&lt;br/&gt;
&amp;gt; &amp;gt; En &#233;chantillonant le spectre Id1000039 avec une r&#233;solution constante = 13, on retrouve bien la bonne solution avec linemodel:&lt;br/&gt;
&amp;gt; &amp;gt; &lt;br/&gt;
&amp;gt; le continu est quand m&#234;me tr&#232;s &#233;tonnant...&lt;br/&gt;
&amp;gt; &lt;br/&gt;
&amp;gt; &amp;gt; Ceci n&apos;est toujours pas le cas avec TemplateFitting&lt;/p&gt;

&lt;p&gt;Nous avons eu d&#233;j&#224; des cas similaires dans &lt;a href=&quot;https://projets.lam.fr/issues/7199&quot; class=&quot;external-link&quot; rel=&quot;nofollow&quot;&gt;https://projets.lam.fr/issues/7199&lt;/a&gt;. Selon cette derni&#232;re ceci est du au fait que le premier sample du spectre est tr&#232;s petit (de l&apos;ordre de 6*10^-27)&lt;br/&gt;
&lt;span class=&quot;image-wrap&quot; style=&quot;&quot;&gt;&lt;img src=&quot;https://pfspipe.ipmu.jp/jira/secure/attachment/16885/16885_Id1000039_Flux_Res13.png&quot; style=&quot;border: 0px solid black&quot; /&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt;</comment>
                            <comment id="36185" author="r2j.migrate" created="Mon, 27 Nov 2023 18:58:45 +0000"  >&lt;p&gt;Comment by Didier Vibert on 2023-03-23 16:00:58:&lt;/p&gt;

&lt;p&gt;Mira Sarkis wrote in #note-14:&lt;br/&gt;
&amp;gt; Nous avons eu d&#233;j&#224; des cas similaires dans &lt;a href=&quot;https://projets.lam.fr/issues/7199&quot; class=&quot;external-link&quot; rel=&quot;nofollow&quot;&gt;https://projets.lam.fr/issues/7199&lt;/a&gt;. Selon cette derni&#232;re ceci est du au fait que le premier sample du spectre est tr&#232;s petit (de l&apos;ordre de 6*10^-27)&lt;/p&gt;


&lt;p&gt;ah ok... mais l&#224; &#231;a me semble diff&#233;rent. le spectre est nul sur une plage , &#224;  cause de l&apos;igm, normalement les mod&#232;les devraient &#234;tre capable de le faire. Est-ce que l&apos;igm (sur le continu) est bien activ&#233; ? car on ne l&apos;active pas sur des donn&#233;es euclid, car les spectres rouge d&#233;marrent &#224; 12000 ce qui rend l&apos;igm visible seulement &#224; grand z (7 ou 8 ), l&#224; les spectre d&#233;marrent &#224; 4000.&lt;/p&gt;</comment>
                            <comment id="36186" author="r2j.migrate" created="Mon, 27 Nov 2023 18:59:02 +0000"  >&lt;p&gt;Comment by Vincent Le Brun on 2023-03-23 16:07:37:&lt;br/&gt;
j&apos;ai fait commencer le lambda range &#224; 4000 pour justement &#233;viter la partie concern&#233;e par l&apos;IGM, &lt;del&gt;comme ce sont des spectres &#224; z=0&lt;/del&gt;  c&apos;&#233;tait impossible &#224; g&#233;rer (et en fait la coupure qu&apos;on voit se fait &#224; 912A &#224; l&apos;int&#233;rieur de la galaxie, &#231;a correspond aux photons qui ont l&apos;&#233;nergie minimale pour ioniser l&apos;hydrog&#232;ne).&lt;/p&gt;</comment>
                            <comment id="36187" author="r2j.migrate" created="Mon, 27 Nov 2023 18:59:12 +0000"  >&lt;p&gt;Comment by Didier Vibert on 2023-03-23 16:18:16:&lt;br/&gt;
Vincent Le Brun wrote in #note-16:&lt;br/&gt;
&amp;gt; j&apos;ai fait commencer le lambda range &#224; 4000 pour justement &#233;viter la partie concern&#233;e par l&apos;IGM, comme ce sont des spectres &#224; z=0 c&apos;&#233;tait impossible &#224; g&#233;rer (et en fait la coupure qu&apos;on voit se fait &#224; 912A &#224; l&apos;int&#233;rieur de la galaxie, &#231;a correspond aux photons qui ont l&apos;&#233;nergie minimale pour ioniser l&apos;hydrog&#232;ne).&lt;/p&gt;

&lt;p&gt;ok, donc sur le spectre montr&#233; par Mira, on ne devrait pas utiliser ce qui est est &#224; gauche de 4000, c&apos;est &#231;a ? pourtant j&apos;ai bien l&apos;impression qu&apos;on voit le spectre &#224; 912... idem sur ton plot #note-10 &lt;/p&gt;</comment>
                            <comment id="36188" author="r2j.migrate" created="Mon, 27 Nov 2023 18:59:23 +0000"  >&lt;p&gt;Comment by Vincent Le Brun on 2023-03-23 16:22:41:&lt;br/&gt;
non &#231;a commence bien &#224; 4000 pour contre les spectres ont un redshift, ce ne sont pas des mod&#232;les &#224; z=0&lt;/p&gt;</comment>
                            <comment id="36189" author="r2j.migrate" created="Mon, 27 Nov 2023 18:59:36 +0000"  >&lt;p&gt;Comment by Didier Vibert on 2023-03-23 17:46:03:&lt;br/&gt;
Vincent Le Brun wrote in #note-18:&lt;br/&gt;
&amp;gt; non &#231;a commence bien &#224; 4000 pour contre les spectres ont un redshift, ce ne sont pas des mod&#232;les &#224; z=0&lt;/p&gt;

&lt;p&gt;donc ok &#231;a d&#233;marre bien &#224; 4000. Mais le spectre en question est nul &#224; gauche de 5000, et d&#233;marre &#224; 700, comment c&apos;est possible ? 5000/4000=1.25 c&apos;est un spectre &#224; z=0.25 ? &lt;br/&gt;
bref en tout cas la partie gauche nulle du spectre est g&#234;nante, d&apos;autant plus qu&apos;il ne s&apos;agit pas de l&apos;igm...&lt;/p&gt;</comment>
                            <comment id="36190" author="r2j.migrate" created="Mon, 27 Nov 2023 18:59:46 +0000"  >&lt;p&gt;Comment by Vincent Le Brun on 2023-03-23 18:07:40:&lt;br/&gt;
pour le spectre Id0000039 c&apos;est bien l&apos;IGM en plus de la coupure&amp;lt;912, la raie &#224; 6700 est Lyman-alpha, donc z=4,5 environ, et &#224; ce redshift l&#224; les courbes d&apos;IGM sont toutes &#224; 0en dessous de 912 A donc &#231;a ne devrait pas poser de pb&lt;/p&gt;</comment>
                            <comment id="36191" author="r2j.migrate" created="Mon, 27 Nov 2023 19:00:03 +0000"  >&lt;p&gt;Comment by Mira Sarkis on 2023-03-24 09:22:32:&lt;br/&gt;
Didier Vibert wrote in #note-15:&lt;/p&gt;

&lt;p&gt;&amp;gt;Est-ce que l&apos;igm (sur le continu) est bien activ&#233; ? car on ne l&apos;active pas sur des donn&#233;es euclid, car les spectres rouge d&#233;marrent &#224; 12000 ce qui rend l&apos;igm visible seulement &#224; grand z (7 ou 8 ), l&#224; les spectre d&#233;marrent &#224; 4000.&lt;/p&gt;

&lt;p&gt;L&apos;igm est bien activ&#233; sur le continu dans les params.json de Vincent.&lt;/p&gt;

&lt;p&gt;Voici le plot du mod&#232;le de spectre avec IGM d&#233;sactiv&#233; sur le continu, pour un redshift estim&#233; &#224; 7.2010&lt;br/&gt;
&lt;span class=&quot;image-wrap&quot; style=&quot;&quot;&gt;&lt;img src=&quot;https://pfspipe.ipmu.jp/jira/secure/attachment/16886/16886_Id1000039_linemodelSolve_Res13_noIGM.png&quot; style=&quot;border: 0px solid black&quot; /&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt;

</comment>
                            <comment id="36192" author="r2j.migrate" created="Mon, 27 Nov 2023 19:00:15 +0000"  >&lt;p&gt;Comment by Mira Sarkis on 2023-03-31 09:01:48:&lt;br/&gt;
Je vous joins le plot du mod&#232;le avec TemplateFitting &lt;span class=&quot;image-wrap&quot; style=&quot;&quot;&gt;&lt;img src=&quot;https://pfspipe.ipmu.jp/jira/secure/attachment/16887/16887_Id1000039_TF_Res13.png&quot; style=&quot;border: 0px solid black&quot; /&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt;</comment>
                            <comment id="36193" author="r2j.migrate" created="Mon, 27 Nov 2023 19:00:35 +0000"  >&lt;p&gt;Comment by Vincent Le Brun on 2023-03-31 09:16:19:&lt;br/&gt;
donc la question de d&#233;part &apos;Pourquoi ?&apos; demeure... est ce que tu peux mettre la PDF du tplfit ?&lt;/p&gt;</comment>
                            <comment id="36194" author="r2j.migrate" created="Mon, 27 Nov 2023 19:01:12 +0000"  >&lt;p&gt;Comment by Mira Sarkis on 2023-03-31 09:21:53:&lt;br/&gt;
Vincent Le Brun wrote in #note-23:&lt;br/&gt;
&amp;gt; donc la question de d&#233;part &apos;Pourquoi ?&apos; demeure... est ce que tu peux mettre la PDF du tplfit ?&lt;br/&gt;
La pdf est aussi bizarre&lt;br/&gt;
&lt;span class=&quot;image-wrap&quot; style=&quot;&quot;&gt;&lt;img src=&quot;https://pfspipe.ipmu.jp/jira/secure/attachment/16888/16888_Id1000030_TF_Res13_PDF.png&quot; style=&quot;border: 0px solid black&quot; /&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt;</comment>
                            <comment id="36195" author="r2j.migrate" created="Mon, 27 Nov 2023 19:01:29 +0000"  >&lt;p&gt;Comment by Vincent Le Brun on 2023-03-31 09:38:48:&lt;br/&gt;
comme par hasard la PFD plonge autour de 4.3 qui est la valeur attendue...&lt;br/&gt;
est ce que le fit d&apos;un spectre qui vaut z&#233;ro sur une grande partie  par un mod&#232;le qui vaut aussi z&#233;ro poserait des probl&#232;mes (genre si on essaye de calculer une amplitude par une division) ??&lt;/p&gt;</comment>
                            <comment id="36196" author="r2j.migrate" created="Mon, 27 Nov 2023 19:01:45 +0000"  >&lt;p&gt;Comment by Didier Vibert on 2023-03-31 10:49:54:&lt;br/&gt;
Vincent Le Brun wrote in #note-25:&lt;br/&gt;
&amp;gt; comme par hasard la PFD plonge autour de 4.3 qui est la valeur attendue...&lt;br/&gt;
&amp;gt; est ce que le fit d&apos;un spectre qui vaut z&#233;ro sur une grande partie  par un mod&#232;le qui vaut aussi z&#233;ro poserait des probl&#232;mes (genre si on essaye de calculer une amplitude par une division) ??&lt;/p&gt;

&lt;p&gt;je ne vois pas trop..., c&apos;est quoi la variance que tu as mise, lorsque le flux est nul ? &lt;/p&gt;

&lt;p&gt;&#231;a ne serait pas parce que la variance est bcp trop petite, et du coup cette zone du spectre a un poids consid&#233;rable dans le chi2, or l&apos;extinction igm ne devient pas exactement nulle tout de suite, ce qui l&apos;emp&#234;cherait de se caler assez &#224; gauche ? &lt;/p&gt;</comment>
                            <comment id="36197" author="r2j.migrate" created="Mon, 27 Nov 2023 19:01:59 +0000"  >&lt;p&gt;Comment by Didier Vibert on 2023-03-31 10:58:47:&lt;br/&gt;
Didier Vibert wrote in #note-26:&lt;br/&gt;
&amp;gt; Vincent Le Brun wrote in #note-25:&lt;br/&gt;
&amp;gt; &amp;gt; comme par hasard la PFD plonge autour de 4.3 qui est la valeur attendue...&lt;br/&gt;
&amp;gt; &amp;gt; est ce que le fit d&apos;un spectre qui vaut z&#233;ro sur une grande partie  par un mod&#232;le qui vaut aussi z&#233;ro poserait des probl&#232;mes (genre si on essaye de calculer une amplitude par une division) ??&lt;br/&gt;
&amp;gt; &lt;br/&gt;
&amp;gt; je ne vois pas trop..., c&apos;est quoi la variance que tu as mis, lorsque le flux est nul ? &lt;br/&gt;
&amp;gt; &lt;br/&gt;
&amp;gt; &#231;a ne serait pas parceque la variance est bcp trop petite, et du coup cette zone du spectre a un poid consid&#233;rable dans le chi2, hors l&apos;extinction igm ne devient pas exactement nulle tout de suite, ce qui l&apos;emp&#234;cherait de se caler assez &#224; gauche ?&lt;/p&gt;

&lt;p&gt;y a un truc bizarre dans les courbes IGM en dessous de 912:&lt;br/&gt;
&lt;span class=&quot;image-wrap&quot; style=&quot;&quot;&gt;&lt;img src=&quot;https://pfspipe.ipmu.jp/jira/secure/attachment/16889/16889_clipboard-202303311258-nonkk.png&quot; style=&quot;border: 0px solid black&quot; /&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt;</comment>
                            <comment id="36198" author="r2j.migrate" created="Mon, 27 Nov 2023 19:02:16 +0000"  >&lt;p&gt;Comment by Vincent Le Brun on 2023-03-31 11:10:23:&lt;br/&gt;
bizarre en effet mais pour ce spectre le lambda_rest au bon redshift est d&apos;environ 700 A donc cette zone la ne devrait pas avoir d&apos;impact...&lt;br/&gt;
la courbe d&apos;IGM devrait continuer &#224; remonter en dessous de 300A, j&apos;imagine qu&apos;on a coup&#233; en se disant que &#231;a ne servirait jamais...&lt;/p&gt;</comment>
                            <comment id="36199" author="r2j.migrate" created="Mon, 27 Nov 2023 19:02:25 +0000"  >&lt;p&gt;Comment by Didier Vibert on 2023-03-31 12:58:25:&lt;br/&gt;
Mira: &#231;a donne quoi si tu mets un lambdarange &#224; 5000 (voire un peu plus) pour supprimer la plage du spectre nulle ? &lt;/p&gt;</comment>
                            <comment id="36200" author="r2j.migrate" created="Mon, 27 Nov 2023 19:02:39 +0000"  >&lt;p&gt;Comment by Mira Sarkis on 2023-03-31 13:15:22:&lt;br/&gt;
Didier Vibert wrote in #note-29:&lt;br/&gt;
&amp;gt; Mira: &#231;a donne quoi si tu mets un lambdarange &#224; 5000 (voire un peu plus) pour supprimer la plage du spectre nulle ?&lt;br/&gt;
J&apos;ai d&#233;j&#224; lanc&#233; avec lambda_start=6000 et c&apos;est bien mieux comme ca, mais je ne comprend pas comment ca se fait que c&apos;est mieux!&lt;/p&gt;

&lt;p&gt;Le d&#233;but du spectre n&apos;est pas vraiment nul, c&apos;est plutot cte = 2*1E-22&lt;br/&gt;
&lt;span class=&quot;image-wrap&quot; style=&quot;&quot;&gt;&lt;img src=&quot;https://pfspipe.ipmu.jp/jira/secure/attachment/16890/16890_TF_lbdastart6000.png&quot; style=&quot;border: 0px solid black&quot; /&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt;</comment>
                            <comment id="36201" author="r2j.migrate" created="Mon, 27 Nov 2023 19:02:48 +0000"  >&lt;p&gt;Comment by Didier Vibert on 2023-03-31 14:31:08:&lt;br/&gt;
Mira Sarkis wrote in #note-30:&lt;br/&gt;
&amp;gt; Didier Vibert wrote in #note-29:&lt;br/&gt;
&amp;gt; &amp;gt; Mira: &#231;a donne quoi si tu mets un lambdarange &#224; 5000 (voire un peu plus) pour supprimer la plage du spectre nulle ?&lt;br/&gt;
&amp;gt; J&apos;ai d&#233;j&#224; lanc&#233; avec lambda_start=6000 et c&apos;est bien mieux comme ca, mais je ne comprend pas comment ca se fait que c&apos;est mieux!&lt;br/&gt;
&amp;gt; &lt;br/&gt;
&amp;gt; Le d&#233;but du spectre n&apos;est pas vraiment nul, c&apos;est plutot cte = 2*1E-27&lt;br/&gt;
ok&lt;/p&gt;

&lt;p&gt;tu peux essayer avec un lbda range juste apr&#232;s la zone null ie 5000 (6000 c&apos;est d&#233;j&#224; pas mal plus loin).... je pense que le pb vient des valeurs de variances dans cette zone (cf #note-26)&lt;/p&gt;
</comment>
                            <comment id="36202" author="r2j.migrate" created="Mon, 27 Nov 2023 19:03:07 +0000"  >&lt;p&gt;Comment by Didier Vibert on 2023-03-31 14:35:38:&lt;br/&gt;
Mira Sarkis wrote in #note-30:&lt;br/&gt;
&amp;gt; J&apos;ai d&#233;j&#224; lanc&#233; avec lambda_start=6000 et c&apos;est bien mieux comme ca, mais je ne comprend pas comment ca se fait que c&apos;est mieux!&lt;/p&gt;

&lt;p&gt;y a un truc que je ne comprend pas: entre ce plot lbda_start=6000 #note-30 et le pr&#233;c&#233;dent #note-22, la courbe du bruit n&apos;est pas la m&#234;me ??????&lt;/p&gt;</comment>
                            <comment id="36203" author="r2j.migrate" created="Mon, 27 Nov 2023 19:03:25 +0000"  >&lt;p&gt;Comment by Didier Vibert on 2023-03-31 14:37:41:&lt;br/&gt;
Didier Vibert wrote in #note-32:&lt;br/&gt;
&amp;gt; Mira Sarkis wrote in #note-30:&lt;br/&gt;
&amp;gt; &amp;gt; J&apos;ai d&#233;j&#224; lanc&#233; avec lambda_start=6000 et c&apos;est bien mieux comme ca, mais je ne comprend pas comment ca se fait que c&apos;est mieux!&lt;br/&gt;
&amp;gt; &lt;br/&gt;
&amp;gt; y a un truc que je ne comprend pas: entre ce plot lbda_start=6000 #note-30 et le pr&#233;c&#233;dent #note-22, la courbe du bruit n&apos;est pas la m&#234;me ??????&lt;/p&gt;

&lt;p&gt;quand tu as fait le r&#233;-&#233;chantillonnage, tu l&apos;as fait sur le bruit aussi ? &lt;/p&gt;</comment>
                            <comment id="36204" author="r2j.migrate" created="Mon, 27 Nov 2023 19:03:39 +0000"  >&lt;p&gt;Comment by Mira Sarkis on 2023-03-31 14:42:48:&lt;br/&gt;
Didier Vibert wrote in #note-32:&lt;br/&gt;
&amp;gt; Mira Sarkis wrote in #note-30:&lt;br/&gt;
&amp;gt; &amp;gt; J&apos;ai d&#233;j&#224; lanc&#233; avec lambda_start=6000 et c&apos;est bien mieux comme ca, mais je ne comprend pas comment ca se fait que c&apos;est mieux!&lt;br/&gt;
&amp;gt; &lt;br/&gt;
&amp;gt; y a un truc que je ne comprend pas: entre ce plot lbda_start=6000 #note-30 et le pr&#233;c&#233;dent #note-22, la courbe du bruit n&apos;est pas la m&#234;me ??????&lt;/p&gt;

&lt;p&gt;Dans #note-22 il s&apos;agit du spectre dont le flux et la variance sont r&#233;echantillon&#233;s. &lt;br/&gt;
Dans #note-30, c&apos;est le spectre d&apos;origine (avec un zoom sur le flux)&lt;/p&gt;</comment>
                            <comment id="36205" author="r2j.migrate" created="Mon, 27 Nov 2023 19:03:50 +0000"  >&lt;p&gt;Comment by Vincent Le Brun on 2023-03-31 14:43:10:&lt;br/&gt;
Didier Vibert wrote in #note-31:&lt;/p&gt;

&lt;p&gt;&amp;gt; tu peux essayer avec un lbda range juste apr&#232;s la zone null ie 5000 (6000 c&apos;est d&#233;j&#224; pas mal plus loin).... je pense que le pb vient des valeurs de variances dans cette zone (cf #note-26)&lt;/p&gt;

&lt;p&gt;je crois que j&apos;ai compris, c&apos;st &#224; cause du S/N constant : les valeurs de flux sont faibles (1e-27) et donc des variances en 2e-29, mais pas 0, mais du coup &#231;a rend le spectre incompatible avec 0 vu que je n&apos;ai pas mis de bruit de fond constant (qui est toujours pr&#233;sent dans un vrai spectre), et  qui permettrait au modele nul de passer par z&#233;ro&lt;br/&gt;
Je vais refaire une production avec un bruit minimum r&#233;aliste et on regarde ce que &#231;a donne&lt;/p&gt;</comment>
                            <comment id="36206" author="r2j.migrate" created="Mon, 27 Nov 2023 19:04:10 +0000"  >&lt;p&gt;Comment by Didier Vibert on 2023-03-31 14:48:32:&lt;br/&gt;
Vincent Le Brun wrote in #note-35:&lt;br/&gt;
&amp;gt; Didier Vibert wrote in #note-31:&lt;br/&gt;
&amp;gt; &lt;br/&gt;
&amp;gt; &amp;gt; tu peux essayer avec un lbda range juste apr&#232;s la zone null ie 5000 (6000 c&apos;est d&#233;j&#224; pas mal plus loin).... je pense que le pb vient des valeurs de variances dans cette zone (cf #note-26)&lt;br/&gt;
&amp;gt; &lt;br/&gt;
&amp;gt; je crois que j&apos;ai compris, c&apos;st &#224; cause du S/N constant : les valeurs de flux sont faibles (1e-27) et donc des variances en 2e-29, mais pas 0, mais du coup &#231;a rend le spectre incompatible avec 0 vu que je n&apos;ai pas mis de bruit de fond constant (qui est toujours pr&#233;sent dans un vrai spectre), et  qui permettrait au modele nul de passer par z&#233;ro&lt;br/&gt;
&amp;gt; Je vais refaire une production avec un bruit minimum r&#233;aliste et on regarde ce que &#231;a donne&lt;/p&gt;

&lt;p&gt;+1&lt;/p&gt;</comment>
                            <comment id="36207" author="r2j.migrate" created="Mon, 27 Nov 2023 19:04:21 +0000"  >&lt;p&gt;Comment by Didier Vibert on 2023-03-31 14:49:27:&lt;br/&gt;
Mira Sarkis wrote in #note-34:&lt;/p&gt;

&lt;p&gt;&amp;gt; Dans #note-22 il s&apos;agit du spectre dont le flux et la variance sont r&#233;echantillon&#233;s. &lt;br/&gt;
&amp;gt; Dans #note-30, c&apos;est le spectre d&apos;origine.&lt;/p&gt;

&lt;p&gt;&#231;a n&apos;explique pas la diff&#233;rence entre les 2 visu du bruit ????&lt;/p&gt;</comment>
                            <comment id="36208" author="r2j.migrate" created="Mon, 27 Nov 2023 19:04:34 +0000"  >&lt;p&gt;Comment by Didier Vibert on 2023-03-31 14:55:33:&lt;br/&gt;
Didier Vibert wrote in #note-37:&lt;br/&gt;
&amp;gt; Mira Sarkis wrote in #note-34:&lt;br/&gt;
&amp;gt; &lt;br/&gt;
&amp;gt; &amp;gt; Dans #note-22 il s&apos;agit du spectre dont le flux et la variance sont r&#233;echantillon&#233;s. &lt;br/&gt;
&amp;gt; &amp;gt; Dans #note-30, c&apos;est le spectre d&apos;origine.&lt;br/&gt;
&amp;gt; &lt;br/&gt;
&amp;gt; &#231;a n&apos;explique pas la diff&#233;rence entre les 2 visu du bruit ????&lt;/p&gt;

&lt;p&gt;bon si, &#231;a vient des &quot;spikes&quot; dans la variance (notamment celui vers 6700) qui doit disparaitre avec ton r&#233;&#233;chantillonnage. &lt;/p&gt;</comment>
                            <comment id="36209" author="r2j.migrate" created="Mon, 27 Nov 2023 19:04:44 +0000"  >&lt;p&gt;Comment by Didier Vibert on 2023-03-31 15:00:11:&lt;br/&gt;
Didier Vibert wrote in #note-36:&lt;br/&gt;
&amp;gt; Vincent Le Brun wrote in #note-35:&lt;br/&gt;
&amp;gt; &amp;gt; je crois que j&apos;ai compris, c&apos;st &#224; cause du S/N constant : les valeurs de flux sont faibles (1e-27) et donc des variances en 2e-29, mais pas 0, mais du coup &#231;a rend le spectre incompatible avec 0 vu que je n&apos;ai pas mis de bruit de fond constant (qui est toujours pr&#233;sent dans un vrai spectre), et  qui permettrait au modele nul de passer par z&#233;ro&lt;br/&gt;
&amp;gt; &amp;gt; Je vais refaire une production avec un bruit minimum r&#233;aliste et on regarde ce que &#231;a donne&lt;br/&gt;
&amp;gt; &lt;br/&gt;
&amp;gt; +1&lt;/p&gt;

&lt;p&gt;c&apos;est ce que j&apos;essayai de dire #note-26. &lt;br/&gt;
Je pense que tu n&apos;as pas forc&#233;ment besoin de faire une r&#233;alisation de bruit de fond, tu peux juste rajouter une constante partout dans la variance, pour lui donner une limite basse. Ensuite c&apos;est pas grave si la partie nulle n&apos;est pas bruit&#233;e, elle sera juste un peu trop compatible.&lt;/p&gt;</comment>
                            <comment id="36210" author="r2j.migrate" created="Mon, 27 Nov 2023 19:04:55 +0000"  >&lt;p&gt;Comment by Vincent Le Brun on 2023-04-03 12:29:04:&lt;br/&gt;
en effet j&apos;ai rajout&#233; une constante &#224; la variance et pour cet objet l&#224; &#231;a marche beaucoup mieux&lt;br/&gt;
/net/CESAM/amazed/vlebrun/EL-COSMOS2020/IncidentSpectra/test_noise_LM/&lt;br/&gt;
par contre pour le deuxi&#232;me objet (meme r&#233;pertoire, Id000320) &#231;a ne marche toujours pas il pr&#233;f&#232;re une solution qui fait tomber toutes les raies au milieu des pixels large, sans doute parce que les line-ratio ne sont pas adapt&#233;.&lt;br/&gt;
Mira, est ce que tu peux me dire ou est ton script de resampling, je voudrais retenter sur l&apos;&#233;chantillon complet (et apr&#232;s on ferme le ticket)&lt;/p&gt;</comment>
                            <comment id="36211" author="r2j.migrate" created="Mon, 27 Nov 2023 19:05:13 +0000"  >&lt;p&gt;Comment by Mira Sarkis on 2023-04-03 13:06:57:&lt;br/&gt;
Vincent Le Brun wrote in #note-40:&lt;br/&gt;
&amp;gt; en effet j&apos;ai rajout&#233; une constante &#224; la variance et pour cet objet l&#224; &#231;a marche beaucoup mieux&lt;br/&gt;
&amp;gt; /net/CESAM/amazed/vlebrun/EL-COSMOS2020/IncidentSpectra/test_noise_LM/&lt;br/&gt;
&amp;gt; par contre pour le deuxi&#232;me objet (meme r&#233;pertoire, Id000320) &#231;a ne marche toujours pas il pr&#233;f&#232;re une solution qui fait tomber toutes les raies au milieu des pixels large, sans doute parce que les line-ratio ne sont pas adapt&#233;.&lt;/p&gt;

&lt;p&gt;&amp;gt; Mira, est ce que tu peux me dire ou est ton script de resampling, je voudrais retenter sur l&apos;&#233;chantillon complet (et apr&#232;s on ferme le ticket)&lt;br/&gt;
Je viens de rajouter un jupyter notebook sur le cluster: /net/CESAM/amazed/msarkis/resample_spectra_cteRes.ipynb&lt;br/&gt;
Attention le resampling se fait avec une resolution = 13A, mais tu peux la changer.&lt;/p&gt;

&lt;p&gt;Je te joins aussi le spectre Id1000320 resampl&#233;.&lt;/p&gt;
</comment>
                            <comment id="36212" author="r2j.migrate" created="Mon, 27 Nov 2023 19:05:23 +0000"  >&lt;p&gt;Comment by Vincent Le Brun on 2023-11-22 17:07:03:&lt;br/&gt;
Apr&#232;s &#233;chantillonnage des spectres et mise au point des param&#232;tres (quand les raies sont tr&#232;s &#233;troites un &#233;chantillonnage fin en z est n&#233;cessaire) on arrive &#224; des r&#233;sultats satisfaisants. On peut fermer ce ticket, pas de code associ&#233;&lt;/p&gt;</comment>
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                            <attachment id="16888" name="Id1000030_TF_Res13_PDF.png" size="43486" author="r2j.migrate" created="Mon, 27 Nov 2023 19:10:15 +0000"/>
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                            <attachment id="16886" name="Id1000039_linemodelSolve_Res13_noIGM.png" size="167617" author="r2j.migrate" created="Mon, 27 Nov 2023 19:09:42 +0000"/>
                            <attachment id="16884" name="Id1000039_linemodelSolve_Res13.png" size="178760" author="r2j.migrate" created="Mon, 27 Nov 2023 19:09:01 +0000"/>
                            <attachment id="16882" name="Id1000039_SNR5.png" size="134215" author="r2j.migrate" created="Mon, 27 Nov 2023 19:08:20 +0000"/>
                            <attachment id="16887" name="Id1000039_TF_Res13.png" size="185051" author="r2j.migrate" created="Mon, 27 Nov 2023 19:10:00 +0000"/>
                            <attachment id="16879" name="Id1000039_TPL.png" size="166422" author="r2j.migrate" created="Mon, 27 Nov 2023 19:07:11 +0000"/>
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                            <attachment id="16883" name="Id1000320_SNR5_sol3.png" size="196616" author="r2j.migrate" created="Mon, 27 Nov 2023 19:08:39 +0000"/>
                            <attachment id="16881" name="Id1000320_Tpl_sol0.png" size="234288" author="r2j.migrate" created="Mon, 27 Nov 2023 19:07:50 +0000"/>
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