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RSS generated by JIRA (8.3.4#803005-sha1:1f96e09b3c60279a408a2ae47be3c745f571388b) at Sat Feb 10 15:29:58 JST 2024

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    <title>PFS-JIRA</title>
    <link>https://pfspipe.ipmu.jp/jira</link>
    <description>This file is an XML representation of an issue</description>
    <language>en-us</language>    <build-info>
        <version>8.3.4</version>
        <build-number>803005</build-number>
        <build-date>13-09-2019</build-date>
    </build-info>


<item>
            <title>[REDMINE1D-166] [RM-6843] Cr&#233;er un prior sur la vitesse</title>
                <link>https://pfspipe.ipmu.jp/jira/browse/REDMINE1D-166</link>
                <project id="11002" key="REDMINE1D">1D Redmine </project>
                    <description>&lt;p&gt;&lt;em&gt;&lt;font color=&quot;#505f79&quot;&gt; Created on 2021-11-26 15:28:39 by Vincent Le Brun. % Done: 0&lt;/font&gt;&lt;/em&gt;&lt;/p&gt;


&lt;p&gt;pour voir si on peut &#233;viter les pixels individuels comme dans Euclid une solution serait de p&#233;naliser les r&#233;sultats avec vitesse nulle (param&#232;tre VelocityEmission), il faudrait cr&#233;er le prior correspondant.&lt;/p&gt;</description>
                <environment></environment>
        <key id="23551">REDMINE1D-166</key>
            <summary>[RM-6843] Cr&#233;er un prior sur la vitesse</summary>
                <type id="3" iconUrl="https://pfspipe.ipmu.jp/jira/secure/viewavatar?size=xsmall&amp;avatarId=10518&amp;avatarType=issuetype">Task</type>
                                            <priority id="10000" iconUrl="https://pfspipe.ipmu.jp/jira/images/icons/priorities/medium.svg">Normal</priority>
                        <status id="1" iconUrl="https://pfspipe.ipmu.jp/jira/images/icons/statuses/open.png" description="The issue is open and ready for the assignee to start work on it.">Open</status>
                    <statusCategory id="2" key="new" colorName="blue-gray"/>
                                    <resolution id="-1">Unresolved</resolution>
                                        <assignee username="r2j.migrate">Redmine-Jira Migtation</assignee>
                                    <reporter username="r2j.migrate">Redmine-Jira Migtation</reporter>
                        <labels>
                    </labels>
                <created>Tue, 13 Jun 2023 06:03:45 +0000</created>
                <updated>Wed, 14 Jun 2023 17:28:36 +0000</updated>
                                                                                <due></due>
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                                                                <comments>
                            <comment id="33145" author="r2j.migrate" created="Wed, 14 Jun 2023 08:36:11 +0000"  >&lt;p&gt;Comment by Mira Sarkis on 2022-11-04 09:58:03:&lt;br/&gt;
Le plot suivant, fourni par Vincent, repr&#233;sente le probl&#232;me des pixels chauds (ou bruit) identifi&#233;s en tant que raie d&apos;&#233;mission &#224; flux tr&#232;s &#233;lev&#233; et pris pour une raie Halpha surtout pour des vitesses &amp;gt;0.&lt;br/&gt;
&lt;span class=&quot;image-wrap&quot; style=&quot;&quot;&gt;&lt;img src=&quot;https://pfspipe.ipmu.jp/jira/secure/attachment/15840/15840_Spike.png&quot; style=&quot;border: 0px solid black&quot; /&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt;

&lt;p&gt;L&apos;id&#233;e (en gros) est de fitter avec des vitesses d&apos;&#233;mission nulles et p&#233;naliser les raies dont la vitesse d&apos;emission estim&#233;e est &#224; 0.&lt;/p&gt;

&lt;p&gt;Sp&#233;cifications pour l&apos;impl&#233;mentation, &#224; discuter:&lt;/p&gt;
&lt;ul&gt;
	&lt;li&gt;dans dataset-parameters, ajouter un param&#232;tre `linemodel.emvelocityforceprior` mis &#224; true pour p&#233;naliser les vitesses nulles.&lt;br/&gt;
Note qu&apos;il faut avoir : `linemodel.emvelocityfitmin = 0` pour que `linemodel.emvelocityforceprior` s&apos;applique vraiment.&lt;/li&gt;
	&lt;li&gt;cot&#233; lib: &#224; sp&#233;cifier avec Didier&lt;/li&gt;
&lt;/ul&gt;


</comment>
                            <comment id="33146" author="r2j.migrate" created="Wed, 14 Jun 2023 08:36:12 +0000"  >&lt;p&gt;Comment by Didier Vibert on 2022-11-07 08:21:09:&lt;br/&gt;
Mira Sarkis wrote in #note-9:&lt;br/&gt;
&amp;gt; Le plot suivant, fourni par Vincent, repr&#233;sente le probl&#232;me des pixels chauds (ou bruit) identifi&#233;s en tant que raie d&apos;&#233;mission &#224; flux tr&#232;s &#233;lev&#233; et pris pour une raie Halpha surtout pour des vitesses &amp;gt;0.&lt;/p&gt;

&lt;p&gt;il serait int&#233;ressant de regarder sur cet exemple,  si les vitesses des autres candidats sont nulles ? &lt;br/&gt;
&amp;gt; &lt;br/&gt;
&amp;gt; L&apos;id&#233;e (en gros) est de fitter avec des vitesses d&apos;&#233;mission nulles et p&#233;naliser les raies dont la vitesse d&apos;emission estim&#233;e est &#224; 0.&lt;br/&gt;
&amp;gt; &lt;br/&gt;
&amp;gt; Sp&#233;cifications pour l&apos;impl&#233;mentation, &#224; discuter:&lt;br/&gt;
&amp;gt; * dans dataset-parameters, ajouter un param&#232;tre `linemodel.emvelocityforceprior` mis &#224; true pour p&#233;naliser les vitesses nulles.&lt;br/&gt;
&amp;gt; Note qu&apos;il faut avoir : `linemodel.emvelocityfitmin = 0` pour que `linemodel.emvelocityforceprior` s&apos;applique vraiment.&lt;br/&gt;
&amp;gt; * cot&#233; lib: &#224; sp&#233;cifier avec Didier&lt;/p&gt;

&lt;p&gt;je ne rajouterai pas de param emvelocityforceprior. Mais comme pour le fonctionnement des autres priors (stronglines et Ha, juste un param avec le coeff de p&#233;nalit&#233; cf #7635-2&lt;/p&gt;


&lt;p&gt;on pu&lt;/p&gt;</comment>
                            <comment id="33147" author="r2j.migrate" created="Wed, 14 Jun 2023 08:36:13 +0000"  >&lt;p&gt;Comment by Vincent Le Brun on 2022-11-08 15:13:21:&lt;br/&gt;
Didier Vibert wrote in #note-10:&lt;/p&gt;

&lt;p&gt;&amp;gt; il serait int&#233;ressant de regarder sur cet exemple,  si les vitesses des autres candidats sont nulles ? &lt;br/&gt;
sur un autre exemple que j&apos;&apos;ai regard&#233;, tous les autres candidats utilisent le spike comme raie d&apos;emission principale, et la vitesse est la meme (10 km/s pour ce run l&#224;) pour tous les candidats. Ca peut &#234;tre un crit&#232;re en effet&lt;/p&gt;</comment>
                            <comment id="33148" author="r2j.migrate" created="Wed, 14 Jun 2023 08:36:14 +0000"  >&lt;p&gt;Comment by Didier Vibert on 2022-11-08 15:17:32:&lt;br/&gt;
Vincent Le Brun wrote in #note-11:&lt;br/&gt;
&amp;gt; Didier Vibert wrote in #note-10:&lt;br/&gt;
&amp;gt; &lt;br/&gt;
&amp;gt; &amp;gt; il serait int&#233;ressant de regarder sur cet exemple,  si les vitesses des autres candidats sont nulles ? &lt;br/&gt;
&amp;gt; sur un autre exemple que j&apos;&apos;ai regard&#233;, tous les autres candidats utilisent le spike comme raie d&apos;emission principale, et la vitesse est la meme (10 km/s pour ce run l&#224;) pour tous les candidats. Ca peut &#234;tre un crit&#232;re en effet&lt;/p&gt;

&lt;p&gt;je pensais plut&#244;t que si c&apos;est le cas &#231;a va &#234;tre dur de rattrapper les bons candidats, il va falloir mettre une p&#233;nalit&#233; forte... on va quand m&#234;me tenter !&lt;/p&gt;</comment>
                            <comment id="33149" author="r2j.migrate" created="Wed, 14 Jun 2023 08:36:14 +0000"  >&lt;p&gt;Comment by Didier Vibert on 2022-11-08 15:21:19:&lt;br/&gt;
Vincent Le Brun wrote in #note-11:&lt;br/&gt;
&amp;gt; Didier Vibert wrote in #note-10:&lt;br/&gt;
&amp;gt; &lt;br/&gt;
&amp;gt; &amp;gt; il serait int&#233;ressant de regarder sur cet exemple,  si les vitesses des autres candidats sont nulles ? &lt;br/&gt;
&amp;gt; sur un autre exemple que j&apos;&apos;ai regard&#233;, tous les autres candidats utilisent le spike comme raie d&apos;emission principale, et la vitesse est la meme (10 km/s pour ce run l&#224;) pour tous les candidats. Ca peut &#234;tre un crit&#232;re en effet&lt;/p&gt;

&lt;p&gt;10 km/s ? donc il faut aussi rajouter un param qui donne le seuil de vitesse en dessous duquel on applique la p&#233;nalit&#233;. &lt;br/&gt;
Donc 2 param &lt;/p&gt;
&lt;ol&gt;
	&lt;li&gt;le seuil de vitesse&lt;/li&gt;
	&lt;li&gt;la p&#233;nalit&#233; en proba (ie un terme p : 0 &amp;lt;= p &amp;lt;= 1)&lt;/li&gt;
&lt;/ol&gt;
</comment>
                            <comment id="33150" author="r2j.migrate" created="Wed, 14 Jun 2023 08:36:14 +0000"  >&lt;p&gt;Comment by Vincent Le Brun on 2022-11-08 15:22:33:&lt;br/&gt;
non c&apos;est pare que pour ce run j&apos;avais mis 10 en limite basse, l&apos;id&#233;e serait de mettre 0 et de tester les solutions avec vitesse 0 (si la limite basse n&apos;est pas 0 on n&apos;active pas le prior)&lt;/p&gt;</comment>
                            <comment id="33151" author="r2j.migrate" created="Wed, 14 Jun 2023 08:36:15 +0000"  >&lt;p&gt;Comment by Didier Vibert on 2022-11-08 15:53:09:&lt;br/&gt;
Vincent Le Brun wrote in #note-14:&lt;br/&gt;
&amp;gt; non c&apos;est pare que pour ce run j&apos;avais mis 10 en limite basse, l&apos;id&#233;e serait de mettre 0 et de tester les solutions avec vitesse 0 (si la limite basse n&apos;est pas 0 on n&apos;active pas le prior)&lt;/p&gt;

&lt;p&gt;ok, on oublie le param seuil pour l&apos;instant donc.&lt;/p&gt;

&lt;p&gt;on peut quand m&#234;me activer le prior avec la vitesse limite basse, m&#234;me quand elle n&apos;est pas nulle. Ie l&apos;activation du prior est gouvern&#233;e uniquement par la valeur de la p&#233;nalit&#233; (comme pour les autres priors), si -1 le prior n&apos;est pas actif, sinon il est actif et p&#233;nalise les z avec une vitesse basse.&lt;/p&gt;
</comment>
                            <comment id="33152" author="r2j.migrate" created="Wed, 14 Jun 2023 08:36:15 +0000"  >&lt;p&gt;Comment by Didier Vibert on 2022-11-08 15:55:03:&lt;br/&gt;
je viens de penser &#224; un truc... le fit de la vitesse ne se fait que sur les fen&#234;tres 2nd passe....&lt;br/&gt;
=&amp;gt; on ne rattrapera jamais les candidats qui ne sont pas examin&#233;s en 2nd passe ie si les 5 sont dus au spike c&apos;est foutu...&lt;/p&gt;</comment>
                            <comment id="33153" author="r2j.migrate" created="Wed, 14 Jun 2023 08:36:16 +0000"  >&lt;p&gt;Comment by Vincent Le Brun on 2022-11-08 16:43:50:&lt;br/&gt;
pas bon &#231;a... on peut peut-&#234;tre imaginer bosser sur la forme de la PDF 1ere passe ?&lt;br/&gt;
&lt;span class=&quot;image-wrap&quot; style=&quot;&quot;&gt;&lt;img src=&quot;https://pfspipe.ipmu.jp/jira/secure/attachment/15841/15841_PDF_Spike.png&quot; style=&quot;border: 0px solid black&quot; /&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt;</comment>
                            <comment id="33154" author="r2j.migrate" created="Wed, 14 Jun 2023 08:36:16 +0000"  >&lt;p&gt;Comment by Didier Vibert on 2022-11-10 15:50:43:&lt;br/&gt;
petit r&#233;cap sur les diverses possibilit&#233;s de mitigation des spikes:&lt;/p&gt;

&lt;ul&gt;
	&lt;li&gt;prior vitesse =&amp;gt; impl&#233;menter le fit de la vitesse en premi&#232;re passe (ie &#224; chaque z)&lt;/li&gt;
	&lt;li&gt;detection des spikes:&lt;/li&gt;
&lt;/ul&gt;


&lt;ul&gt;
	&lt;li&gt;code standalone hors amazed eg deglitcher &#224; ondelette continue et coeff de Holder (deglitcher Hershell SPIRE) ou sparsit&#233; (L1 minimisation)&lt;/li&gt;
	&lt;li&gt;dans amazed: vitesse nulle pour 1 ou tous les candidats, rechercher la position de la raie dominante, flagger les pixels correspondant et relancer l&apos;estimation de z&lt;/li&gt;
	&lt;li&gt;mod&#233;lisation des spikes: rajouter un spike param&#233;tr&#233; dans les mod&#232;les fitt&#233;, sans doute un peu lourd, car mini 2 param en plus par mod&#232;le (position et amplitude du spike), mieux vaut les d&#233;tecter avant ?&lt;/li&gt;
	&lt;li&gt;r&#233;jection au niveau de la reliability,  la pdf  ayant sans doute la signature: apprendre sur des simu incluant des spikes (El-cosmos ?) et rajouter une classe spike&lt;/li&gt;
	&lt;li&gt;... vous avez mieux ?&lt;/li&gt;
&lt;/ul&gt;
</comment>
                    </comments>
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                            <attachment id="15840" name="Spike.png" size="245432" author="r2j.migrate" created="Wed, 14 Jun 2023 08:36:19 +0000"/>
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